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파키스탄에 물품 도착 시 세관이 IGM(Import General Manifest) 번호를 발급하며, 이 번호를 통해 물품 내용, 선적지, 수입자, 송하인 등의 내용 확인이 가능하다. 이후 항구 수입 통관을 위해 아래의 서류들을 미리 구비해 현지 대리인에게 전달해놓아야 한다.

  ㅇ 통관 시 필요 서류
    - 선하증권(Bill of Landing) 원본
    - 상업송장(Commercial Invoice) 원본
    - 포장명세서(Packing List) 원본
    - 사업자등록증(National Tax Registration) 원본
    - 신용장 또는 계약서 사본(Copy of the Letter of Credit or Contract)
    - 수입업자의 판매세 납부 등록 증명서 사본(Copy of the Sales Tax Registration Certificate as an Importer)
    - 가장 최근의 판매세 납부 신고서 사본(Copy of the most recent Sales Tax Return)
    - NTN 등록증 사본(Copy of the National Tax Number)

세관신고서의 경우 자동화 시스템을 통해 세관으로 접수되므로 신청자는 PIN Code와 CD로 된 세관신고서를 받게 되며, 통관인 또는 통관 대리인이 제출한 신고서와 함께 세관의 검사보고서가 주 검사인에게 전달되면 검사가 시작된다. 세관 당국은 신고 내용과 실제 수입 품목의 일치 여부, 은닉 물품 존재 여부 등을 검사하며, 수입 품목에 문제가 없다고 판단될 시 세금 고지서가 발행되고 이후 세액을 납부하면 반출허가증이 발급된다.

수입자와 현지 세관의 HS Code 분류 관점이 다를 경우, 이를 심사하고 세율을 확정하는 데만 보통 1주일 이상 소요되므로 파키스탄에 수출 시 HS Code에 대한 명확한 자료나 증빙 서류를 준비해야 한다. 동일한 HS Code에 여러 품목이 포함되어 있을 경우, 고가 품목을 기준으로 일방적인 과세 표준액을 정하려 하는 경우도 많으니 수출 가격에 대한 명확한 증빙 방법을 항상 준비해야 수입 파트너 측이 과도한 세금을 물지 않는다. 1차 산정을 통해 결정된 세액에 불복할 경우 재산정 요청이 가능하며, 이때도 수출 가격 증빙 자료들이 공정한 근거가 된다.

또한 선적서류 상에는 정확한 중량을 표시해야 하며, 세관 당국은 무작위로 컨테이너 중량을 측정해 선적서류에 표시된 중량을 초과할 경우 벌금을 징수하기도 한다. 특히 중고 기계류와 같이 정확한 수출 가격 산정이 어려운 품목의 경우 단순히 중량을 기준으로 세액을 산정하기도 하므로 주의가 필요하다.